Malgré la pression des
nationalistes, Mohammed V accepta l'indépendance d'un pays amputé des
enclaves espagnoles et ne comprenant pas les territoires que les
nationalistes, au nom de l'histoire, estimaient marocains : tout le
Sahara jusqu'au Niger et au Sénégal, autrement dit, la région de
Tindouf, qui faisait partie de l'Algérie française, le nord de l'actuel
Mali, la Mauritanie et le Sahara-Espagnol. Le roi n'y renonçait pas
définitivement mais estimait que l'indépendance immédiate était
préférable. L'Istiqlal créa, dans le Sud, une armée de libération
marocaine comprenant des Mauritaniens et des Sahraouis, membres de
tribus nomadisant à travers ces territoires et partisans d'un «!grand
Maroc!». Cette armée irrégulière envahit le nord de la Mauritanie à
l'indépendance de celle-ci, en 1960, et certains de ses membres
forcèrent, en janvier 1969, les Espagnols à évacuer Ifni.
Mais cette armée devenait incontrôlable et fut dissoute par le roi, ce
qui suscita un vif mécontentement parmi ses membres sahraouis dont le
territoire était toujours occupé par l'Espagne : ils devinrent les
premiers cadres du Front populaire pour la libération de la Saguia
el-Hamra et du Rio de Oro. Le Front Polisario mena désormais la lutte
pour l'indépendance hors de l'État marocain.
Le contentieux sur la frontière entre l'Algérie et le Maroc, à partir de
100 km au sud d'Oujda, avait été mis en sommeil, d'un commun accord
entre les deux parties jusqu'à l'indépendance algérienne. Dès celle-ci,
en 1962, les relations s'envenimèrent entre les voisins maghrébins. La
«!guerre des sables!», en 1963 et 1964, opposa en fait deux régimes,
l'un monarchique et intégré au camp occidental, l'autre révolutionnaire
et non-aligné. L'Algérie appuyait les revendications sahraouies pour
s'aménager une éventuelle fenêtre sur l'Atlantique et empêcher la
constitution d'un grand ensemble territorial concurrent en Afrique du
Nord.