Malgré la pression des nationalistes, Mohammed V accepta l'indépendance d'un pays amputé des enclaves espagnoles et ne comprenant pas les territoires que les nationalistes, au nom de l'histoire, estimaient marocains : tout le Sahara jusqu'au Niger et au Sénégal, autrement dit, la région de Tindouf, qui faisait partie de l'Algérie française, le nord de l'actuel Mali, la Mauritanie et le Sahara-Espagnol. Le roi n'y renonçait pas définitivement mais estimait que l'indépendance immédiate était préférable. L'Istiqlal créa, dans le Sud, une armée de libération marocaine comprenant des Mauritaniens et des Sahraouis, membres de tribus nomadisant à travers ces territoires et partisans d'un «!grand Maroc!». Cette armée irrégulière envahit le nord de la Mauritanie à l'indépendance de celle-ci, en 1960, et certains de ses membres forcèrent, en janvier 1969, les Espagnols à évacuer Ifni.

Mais cette armée devenait incontrôlable et fut dissoute par le roi, ce qui suscita un vif mécontentement parmi ses membres sahraouis dont le territoire était toujours occupé par l'Espagne : ils devinrent les premiers cadres du Front populaire pour la libération de la Saguia el-Hamra et du Rio de Oro. Le Front Polisario mena désormais la lutte pour l'indépendance hors de l'État marocain.
Le contentieux sur la frontière entre l'Algérie et le Maroc, à partir de 100 km au sud d'Oujda, avait été mis en sommeil, d'un commun accord entre les deux parties jusqu'à l'indépendance algérienne. Dès celle-ci, en 1962, les relations s'envenimèrent entre les voisins maghrébins. La «!guerre des sables!», en 1963 et 1964, opposa en fait deux régimes, l'un monarchique et intégré au camp occidental, l'autre révolutionnaire et non-aligné. L'Algérie appuyait les revendications sahraouies pour s'aménager une éventuelle fenêtre sur l'Atlantique et empêcher la constitution d'un grand ensemble territorial concurrent en Afrique du Nord.