La progression des Européens provoqua le sursaut des Beni Saad ou Saadiens. Se donnant pour descendants du Prophète, ces chérifs ou chorfas (titre donné aux descendants de Mahomet par Ali et Fatima) étaient établis au sud, dans la vallée du Sous, autour de Taroudant. Ils menèrent la guerre sainte contre les Portugais, qu'ils chassèrent d'Agadir en 1541, puis de Safi. Ils s'attaquèrent ensuite aux successeurs des Mérinides, les Wattassides. En 1549, ils s'emparèrent de Fès. Les Wattassides demandèrent l'aide des Turcs présents en Algérie, mais les Saadiens se rendirent maîtres du pays en 1554. Pour faire pièce aux Turcs ottomans, qui souhaitaient étendre leur domination sur tout le Maghreb, les sultans saadiens adoptèrent une politique d'équilibre entre ceux-ci et les Occidentaux.
En 1578, le soutien donné par le jeune roi du Portugal, Sébastien, à un prétendant au trône du Maroc se solda par un désastre et livra le Portugal, dont le roi avait été tué, aux convoitises de l'Espagne. En 1591, les Saadiens, souhaitant obtenir les mines de sel du Sahara et l'or du Soudan, lancèrent une expédition à travers le désert contre l'Empire songhaï, établi dans la vallée du Niger. Le sultan Ahmed el-Mansour n'en retira pas l'argent espéré, mais les nationalistes marocains s'appuyeront par la suite sur cette conquête pour revendiquer toute la région comprise entre le Maroc et les rives septentrionales du Niger (nord-Mali) et du Sénégal (Mauritanie) à l'époque des indépendances africaines en 1960. Le pays bénéficia considérablement de l'immigration de près d'un million de Morisques (Maures) et de juifs expulsés d'Espagne après 1492. Le Maroc saadien était unifié et relativement prospère!; l'architecture et les arts marocains connurent un essor notable à cette époque.
Peu après l'arrivée des premiers Saadiens d'Arabie, des immigrants se réclamant de la descendance d'Hassan, l'un des deux fils d'Ali, s'étaient installés dans le Tafilalet, aux portes du désert. Utilisant le prestige que leur accordait cette ascendance alaouite, ils s'appuyèrent sur le désir d'indépendance des habitants de la région pour se poser en prétendants au trône, au milieu du XVIIe siècle. Les Alaouites règnent encore de nos jours sur le Maroc.
La dynastie connut son apogée sous Moulay Ismaïl, le bâtisseur de Meknès. Il s'engagea dans la reconquête du pays sur les chrétiens et mena la lutte contre les Ottomans. Son règne fut suivi d'une longue période de rivalités familiales, ponctuées de brefs interludes de paix et de prospérité relatives. À la fin du XVIIIe siècle, seul le tiers septentrional du Maroc restait soumis à l'administration du sultan : c'était le Bled el-Maghzen, pays soumis à l'impôt, donc à l'autorité chérifienne, tandis que le reste du pays restait en état de quasi-insoumission (Bled el-Siba, pays de la dissidence)